Esta colección se formó a partir del intercambio de material de trabajo entre investigadores del propio Centro o de intercambios con investigadores que han participado en sus diversas actividades. Las colecciones digitalizadas de Códices y Fuentes Andinas  son formada por ciento veintiún códices mesoamericanos y ochenta fuentes andinas, todos ellos en formato digital, algunos de muy difícil acceso, incluso con la existencia de Internet y el creciente trabajo de digitalización que las bibliotecas y museos que custodian estos manuscritos han venido realizando en las últimas décadas. La colección de Textos de Historia, Arqueología y Etnología se formó también gracias a este tipo de intercambios colaborativos entre investigadores y a la selección de material de estudio y debate utilizado en las actividades realizadas por los propios grupos de estudio y seminarios del CEMAA. Además, investigadores y estudiantes miembros del CEMAA y aquellos que han participado en nuestros coloquios y seminarios han donado al Centro sus propias publicaciones u otras obras directamente relacionadas con los estudios sobre los pueblos indígenas de Mesoamérica, los Andes Centrales,  Amazónia y de la región sur brasileña. Estos libros, revistas y fotocopias conforman una pequeña colección física de unos 200 títulos.
   A estos fondos se añadió una rica colección de fuentes históricas y estudios sobre la población indígena tupí, donada al Centro por el arqueólogo Francisco Noelli y denominada por ello Colección Noelli. Esta colección fue reunida por el arqueólogo durante su larga y fructífera carrera académica, en la que, entre otros temas, investigó la población tupí y guaraní, especialmente del litoral y sudeste de Brasil, la región del Chaco y el Río de la Plata. En gran medida, los más de 300 textos de esta colección son de difícil acceso, incluso en tiempos de Internet. La entrevista con el profesor Francisco Noelli aborda la creación de esta colección de fuentes históricas y textos sobre la cultura tupí y guaraní, así como la importancia de investigar y divulgar la historia indígena.

    El trabajo de selección, organización y catalogación de los fondos que componen la colección de obras físicas y digitales del CEMAA se llevó a cabo a través de proyectos de iniciación científica coordinados por el profesor Eduardo Natalino dos Santos y con becas concedidas por el Programa Unificado de Becas de Apoyo a la Formación de Estudiantes de Grado de la Universidad de São Paulo (PUB/USP). Entre 2015 y 2018, los estudiantes participantes fueron: Aline Camoles, Amanda Beatriz Raimundo, Andressa Simões Medeiros Pacheco, Felipe Gois Blumen,Francisco Vieira Cangussu Junior, Heitor Martins Mota, Juliana Muscovick, Juliana Vieira Wahl Pereira, Lucas Oliveira M. H. Santos, Maria Beatriz Correa Neves, Rafael Dias Scarelli, Stephanie Maria Strobel. Entre 2022 y 2023, los alumnos participantes fueron: Bruno Alexandre Pires, Laura Filipini Noveli, Luana da Silva Spósito (estudiante de maestría en el Museo de Arqueología y Etnología de la USP), Monyque Brandão, Vitória Bezerra Soares e Vitória Lopes.

    Creemos que esta colección podría ser de gran utilidad, fortaleciendo aún más los estudios sobre los pueblos indígenas de Mesoamérica, los Andes Centrales, Amazónia y la región del actual Brasil y el sur de Sudamérica.