Esse acervo formou-se a partir da troca de material de trabalho entre pesquisadores do próprio Centro ou de intercâmbios com pesquisadores que têm participado de suas diversas atividades. A coleção de Códices digitalizados  e Fontes andinas é composta por cento e vinte e um códices Mesoamericanos e oitenta fontes andinas, todos em formato digital, alguns dos quais de acesso bastante dificultoso, mesmo com a existência da Internet e o crescente trabalho de digitalização que as bibliotecas e museus depositários desses manuscritos vêm promovendo nas últimas décadas. A coleção de Textos de História, Arqueologia e Etnologia também foi formada por esse tipo de troca colaborativa entre os pesquisadores e por meio da seleção do material de estudo e debate usado nas atividades realizadas pelos grupos de estudo e seminários do próprio CEMAA. Além disso, pesquisadores e estudantes membros do CEMAA e aqueles que têm participado dos nossos colóquios e seminários têm doado ao Centro suas próprias publicações ou outras obras diretamente relacionadas aos estudos dos povos indígenas da Mesoamérica, dos Andes Centrais e também da região do Brasil. São Livros, Periódicos e Fotocópias que conformam uma pequena coleção física, com cerca de duzentos títulos.

A essas coleções, veio se somar uma rica coleção de fontes históricas e estudos sobre a população indígena tupi, doado ao centro pelo arqueólogo Francisco Noelli e, por essa razão, nomeada de Coleção Noelli. Essa coleção foi constituída pelo arqueólogo em sua longa e profícua trajetória acadêmica, na qual, entre outros temas, pesquisou a população tupi e guarani, especialmente da costa e sudeste do Brasil, da região do Chaco e do Rio da Prata. Em grande medida, os mais de 300 textos dessa coleção são de difícil acesso, mesmo em tempos de Internet. A Entrevista com o professor Francisco Noelli trata da constituição dessa coleção de fontes históricas e de textos sobre e cultura tupi e guarani, assim como da importância da pesquisa e da divulgação da história indígena.

O trabalho de seleção, organização e catalogação das coleções que conformam o acervo de obras físicas e digitais do CEMAA foi realizado por meio de projetos de Iniciação científica coordenados pelo professor Eduardo Natalino dos Santos e com bolsas concedidas pelo Programa Unificado de Bolsas de Estudos para Apoio à Formação de Estudantes de Graduação da Universidade de São Paulo (PUB/USP). Entre 2015 e 2018, os estudantes participantes foram: Aline Camoles, Amanda Beatriz Raimundo, Andressa Simões Medeiros Pacheco, Felipe Gois Blumen,Francisco Vieira Cangussu Junior, Heitor Martins Mota, Juliana Muscovick, Juliana Vieira Wahl Pereira, Lucas Oliveira M. H. Santos, Maria Beatriz Correa Neves, Rafael Dias Scarelli, Stephanie Maria Strobel. Entre 2022 e 2023, os estudantes participantes foram: Bruno Alexandre Pires, Laura Filipini Noveli, Luana da Silva Spósito (mestranda no Museu de Arqueologia e Etnologia da USP que contribuiu na coordenação do projeto), Monyque Brandão, Vitória Bezerra Soares e Vitória Lopes.

Acreditamos que esse acervo poderá ser de grande serventia, impulsionando ainda mais o fortalecimento dos estudos sobre os povos indígenas da Mesoamérica, Andes Centrais e região do atual Brasil e sul da América do Sul.