El Centro de Estudios Mesoamericanos, Amazónicos y Andinos fue fundado a mediados del año 2000, por estudiantes de posgrado del Museo de Arqueología y Etnología (MAE) y del Departamento de Historia de la Facultad de Filosofía, Letras y Ciencias Humanas (DH/FFLCH) de la Universidad de São Paulo (USP). Desde entonces, el principal objetivo del Centro ha sido posibilitar e incentivar en nuestro país el desarrollo y crecimiento de la investigación académica sobre los pueblos indígenas de Mesoamérica y los Andes Centrales, especialmente de los períodos prehispánico y colonial, así como promover el diálogo entre estas investigaciones y las que se dedican a la cultura e historia de poblaciones indígenas de otras regiones del continente americano o de otros períodos históricos. Durante estas dos décadas de actividad, este diálogo fue muy fértil, especialmente con los estudios sobre los pueblos indígenas de la Amazonía, que ganaron volumen y protagonismo en las actividades del CEMA. Al mismo tiempo, dentro del propio CEMA, los estudios centrados en los pueblos indígenas de los Andes Centrales y Mesoamérica siempre han reflexionado críticamente sobre las limitaciones de la división tradicional de la América indígena en áreas culturales cuando pensadas como fronteras rígidas e impenetrables. El resultado de este proceso es que, a partir de 2023, el Centro de Estudios Mesoamericanos y Andinos de la USP decidió reflejar esa realidad interna en su nombre, cambiándolo a Centro de Estudios Mesoamericanos, Amazónicos y Andinos o CEMAA.

    Además de los estudios e investigaciones de sus miembros, el CEMAA realiza varias actividades abiertas a todas las personas interesadas, entre las que destacan los Coloquios de Historia, Arqueología y Antropología de la América Indígena, las Conversaciones del CEMAA y los grupos de estudio de (1) códices mesoamericanos y náhuatl, de (2) lengua quechua, de (3) historia y antropología indígenas y de (4) Andes y Amazonía. Más información sobre las actividades realizadas o en proceso de realización se puede obtener, respectivamente, en las secciones Historial y Actividades  de este sitio.

     Actualmente, el CEMAA es coordinado por Cristiana Bertazoni Martins, Eduardo Natalino dos Santos, Guilherme Bianchi Moreira y Vinicius Soares de Lima. Además, el CEMAA/USP cuenta con la participación de otros miembros titulares, así como con la cooperación de investigadores, profesores colaboradores, investigadores visitantes y becarios. La lista de estos miembros esenciales y sus CV se pueden ver en la sección Producción Científica.